Afin de permettre l’amorçage du programme puis le remboursement fluide des porteurs de projets, la Commission européenne procède, chaque année, au versement d’un préfinancement à l’autorité de gestion. La Commission européenne verse des préfinancements initiaux, versés seulement les trois premières années de la période de programmation et les préfinancements annuels versés à partir de la troisième année et ce jusqu’à l’année précédent la clôture du programme.