Dans le cadre de ses missions, la Commission interministérielle de coordination des contrôles établit un avis d’audit ainsi qu’un rapport annuel de contrôle exposant les principales conclusions des contrôles menés auprès des autorités en charge des programmes, incluant les conclusions en rapport aux lacunes relevées dans les systèmes de gestion et de contrôle, ainsi que les mesures correctives proposées et appliquées.